整理編撰：國立清華大學圖書館
1948年，國共內戰方熾，共軍與國軍戰於北平城郊，位於城外的清華園已陷戰火。此時梅貽琦校長正在城內洽公，城郊通訊斷絕，遂無法返校執行公務，同年12月14、15兩日，中華民國政府將梅校長在內的北平教育界要人送往南京。
1949年，國民政府退守台灣，此時台灣百廢待興，中美關係亦陷入冰點，政府尚無暇顧及高等教育發展。直至1950年韓戰爆發，美國與中華民國政府的關係轉好，來自美方的技術支援遂促成了清華大學在台建校的契機。1955年，中美簽訂了「中美合作研究原子能和平用途協定」，主要內容包括：一、美國協助我國建立研究用原子反應器，並供給所需核子燃料；二、中美兩國隨時交換有關原子能應用於和平用途的各種資料，並且議定由美方擔任檢查與保防的相關責任，確保原子能不會被用在發展軍事用途上。因應原子能研究人才的缺乏，台灣急需培訓相關領域的研究人員，當時原議透過稍具基礎的台灣大學與台灣電力公司合作進行人才培訓，中央研究院也有意恢復近代物理研究所，但最後考慮建立原子爐所需的沉重經費，便讓有清華基金為後盾的清華大學在台建校，成為台灣原子科學研究的先驅。同年12月，行政院宣布組成「清華大學研究院籌備委員會」，1956年1月1日，清華大學正式成立「國立清華大學研究院籌備處」，邁出清華大學在台建校的第一步。
清華原先計劃在台北南港和新竹兩地間擇一為校址，但南港腹地較小，且當時新竹縣長朱盛淇積極爭取，因此清華決定在新竹赤土崎建校。起初由中國石油公司提撥約40公頃（42甲）原屬日本海軍燃料廠的土地，但在原子爐開工後，校地已感不足，新竹縣長朱盛淇同意再撥約33公頃（34甲）土地，加上清華自身向周邊民家收購者，此時校地約78公頃。清華即著手興建校舍，陸續完成辦公大樓、東院教授宿舍、物理館、新南院教授宿舍、反應器館、科儀館以及核工館。原先梅校長與建校籌備委員會的預定計劃，是待新竹校舍完工後再行招生，但由於建校對國家意義重大，在相關人士的關切與催促下，清華決定趕在1956年開學前進行招生。新竹清華校舍方於同年5月開工，無法及時趕上7月開學，因此梅校長遂與台灣大學校長錢思亮連繫，最後決定新竹清華大學第一屆研究生考試由清華自辦招考，並向台灣師範大學借調人力，錄取後暫於台大上課，師資設備也先與台大商借。1956年第一屆原子科學研究所考試，共錄取學生21人，實際報到人數15人，10月3日開始在台大上課。1957年，清華大學的辦公大樓、教職員宿舍、學生宿舍相繼完工，研究生於當年春天返回新竹報到。
在校地、校舍、學生之外，處理在新竹建校的師資問題亦不容易。雖然清華建校之初僅有原子科學研究所，但台灣本身極欠缺相關領域學者，梅校長赴美洽商技術合作時，亦未能找到適合的所長與專任教師，便於1956年暫請陳可忠教務長兼任原科所所長，並且邀請國內外知名學者來校兼任授課，以解燃眉之急。此外，清華為了培訓日後專任師資以及原子爐的操作人員，更直接補助國內有志學習原子科學、又已有基礎的青年學子出國進修，成為日後清華師資與台灣原子能研究人員的主要來源。
清華建校之初，原子爐建設即如火如荼地進行。梅校長於1956年兩次赴美，除了參觀各處實驗室並與美方協定原子爐安裝，與操作人員的訓練事宜之外，並對將來需採用何種機型的原子爐進行勘查，同時也拜訪外國友人學者，為清華尋找師資。1957年梅校長回國，決定向美國訂購范氏加速器，於1958年7月開始安裝，次年春安裝完成。1958年3月和美國奇異公司（General Electric Company）簽約，同年冬天開始興建水池式反應器，1961年4月13日達到臨界，1961年12月2日在台北舉行正式落成典禮，耗資美金約91萬餘元。值得一提的是此項水池式反應器（俗稱原子爐）土木工程，為清華校友華泰建築師張昌華設計，裝置工程亦由清華自行設計施工，機件裝置時則由中國石油公司、台灣電力公司、台灣鋁業公司分別派員操作，並得經濟部聯合工業研究所之協助，為國內工業界與學術界首次密切合作之成果。對於原子爐之興建，梅校長不遺餘力，因此梅校長於1962年5月19日病逝於台大醫院後，清華為紀念梅校長，特命名反應器實驗館為「梅貽琦紀念館」。綜觀原子爐之建立，自1955年開始，至1961年落成，歷時六年，不僅完成了清華建校初期的重要任務，也開啟台灣原子能研究新頁。
1962年梅校長病逝台大醫院後，清華校務暫由陳可忠教務長代理，1965年陳可忠正式擔任校長，在此時期，清華的教學組織也有所發展。1962年夏，鑒於數學研究之重要性與日俱增，但國內大專院校師資至為缺乏，為培植數學研究人材，充實大專數學師資，並加強原子科學研究之數學課程，籌辦數學研究所，於1963年招考第一屆研究生。1964年恢復大學部，先設置核子工程及數學兩系，參加聯合招生。1965年，增設物理學系，1966年，清華第一個學生刊物《清華雙週刊》創刊。此年也增設化學系與物理研究所，隔年設立物理研究所博士班。1968年成立化學研究所，招收第一屆研究生。同年，清華圖書館（紅樓）啟用，隨後體育館、大禮堂與新校門等相繼落成。1969年，舉行首屆「梅竹錦標對抗賽」。1969年7月陳校長退休，由閻振興校長繼任，1970年9月因閻校長調任台大校長，故由徐賢修校長繼任。1973年經教育部核准，以材料、動機、化工三系為基礎，成立工學院，並整合數學、化學、物理等相關系所成立理學院，同時將原子科學研究所、核子工程系、核子工程研究所三系所編制為原子科學院。1974年10月，清華成功研製全國首部電動車「清華一號」，並自新竹清華循縱貫線北上，歷時兩小時抵達台北月涵堂，首創國內跨領域及產學合作研發計劃之成功。此外也於此年開辦專科及高中職教師暑期進修班，招收數學、物理、化學三組學員，開創台灣高中職教師在職進修之先河。自此，新竹清華已從早期僅有原子科學研究所的規模，擴展成為理工大學。1975年9月徐校長奉命轉任國家科學委員會主任委員，由張明哲校長繼任。1980年大學部增設中國語文學系，新竹清華從此由理工大學邁向綜合大學之路。
1980年代正逢台灣經濟起飛，1981到1994年間在毛高文校長、劉兆玄校長與李家同代理校長領導之下，清華大學不論在軟硬體設備、行政與教學政策以及校園文化上皆突飛猛進。1981年，首創長期發展委員會並制訂五年發展計劃，展開有系統的校園規劃。隔年為鼓勵教學與學術研究，設立傑出教學獎與傑出研究獎。1984年增設人文社會學院，納入1980年設立的中國語文學系與1982年設的外國語文學系，並成立經濟系。翌年，增設歷史研究所碩士班，為清華人文社會學院的第一個研究所。1988年成立藝術中心，定期舉辦各種藝文活動，開放校內師生與校外人士共襄盛舉。1991年新竹市政府徵收十八尖山南面約16.7公頃土地為學校用地，並於次年由清華以16億餘元購置為新校地，亦即仙宮校地。1989年，將共同科目改為通識教育中心（1992年教育部核准），樹立台灣通識教育之典範，是為台灣高等教育發展的創舉。1992年7月，增設生命科學院，下轄生命科學系、生命科學研究所及生物醫學研究所。1993年3月，清華阿岡諾反應器除役工程結束，正式功成身退。
除了校內教務組織的異動變化外，因應台灣當時的社會風氣變化，人文社會學院於1989年成立兩性與社會研究室（2000年更名為「性別與社會研究室」），舉辦各種性別影展與演說，並在1999年籌設「性別研究學程」，可見清華風氣之開闊與對社會問題之關懷。此外，1991年5月9日清晨，清華歷史所學生廖偉程被指控參與「獨立台灣會」活動，調查局未知會學校逕入學生宿舍強行逮捕，引起台灣社會與大學校園的劇烈反彈，清華師生亦群起抗議。而後在輿論壓力下，政府廢除「懲治叛亂條例」與修正刑法第100條的「預謀叛亂罪」，清華校園民主化的過程，也因此事件加速了前進的腳步。
1994年教育部修正通過的《大學法》中，正式規定國立大學校長由遴選產生，前一年沈君山校長即已當選清華第一任遴選校長。1995年，成立跨領域共通課程的學院級組織─共同教育委員會，將通識中心、體育室、軍訓室、藝術中心等納入其中。1994年到2006年間，依序由沈校長、陳信雄代理校長、劉炯朗校長與徐遐生校長出掌校務，這段期間的教學單位依新大學法精神而有所異動，將系所名稱相同者，採系所合一架構，研究所併入性質相近學系進行管理。此外因應時代需要，於1998年成立電機資訊學院，下轄原屬工學院之電機系、資工系、電子研究所。2000年成立科技管理學院，下轄計量財務金融學系、科技管理研究所，以及科技法律研究所，由工工系於1999年首創的高階經營管理碩士在職專班（EMBA）亦改隸科管院，至此清華八大學院之主要規模遂告完成。
清華也在此時期與其他著名大學展開交流，1995年12月，沈校長率團訪問北京清華大學，簽定「海峽兩岸清華大學交流合作備忘錄」。2001年2月，更加強推動兩岸學術合作，除與北京清華簽訂多項合作合約外，也與北大、復旦、蘇州、蘭州大學合辦「莙政學者」交換學生計劃。在國內也與交通大學、中央大學及陽明大學於2003年試辦共組「台灣聯合大學系統」，並於2008年1月奉教育部核定正式成立，結合四校之教學研究資源，發揮互補性。
校務蓬勃發展也獲得社會賢達的支持，2000年台灣積體電路製造股份有限公司挹注新台幣1億5千萬元予清華大學興建「台積館」，以供科技管理學院教學研究使用。2001年旺宏電子股份有限公司亦捐贈新台幣3億元予清華大學興建學習資源中心「旺宏館」，使得清華的教學設施更加充實。
除了硬體設備的擴充外，清華於1996年成立校友會，由李遠哲擔任第一屆理事長，次年成立性別歧視及性侵犯防治與處理小組。1999年由財團法人自強工業基金會及清華大學合辦的創新育成中心開始運作，協助中小企業孕育新技術、新產品及發展營運。2000年與宜蘭縣政府簽約，成立「國立清華大學宜蘭園區」，並於2005年正式設立籌備處。
在此時期的清華也曾發生過令人遺憾的事件。1998年3月9日，輻射生物研究所演講廳發生王水溶屍命案，洪姓女研究生因感情糾紛而殺害同窗好友，輿論震驚，為校園帶來了創傷與衝擊。2004年清交合併案的爭議與破局，亦為校園發展過程中備受矚目的大事。
2006年，清華獲教育部「邁向頂尖大學計畫」新台幣10億元補助，其後並成為補助款增長幅度最大的學校。先後執掌校印的陳文村、陳力俊及賀陳弘校長，遂以此筆經費之挹注，啟動清華邁向卓越的新紀元。2006年為縮小城鄉差距，率先招收偏遠地區學生的「繁星計畫」，獲得教育部支持，通令各大學比照辦理。2008年首創清華住宿學院。2010年完成學生成績改為等級制的創舉。2015年8月共教會經組織重整為清華學院。2016年11月本校與國立新竹教育大學合校，增設竹師教育學院、藝術學院。
2017年3月，賀陳弘校長獲通過校長續任案，為本校實施校長遴選制以來首位續任校長。2019年3月，本校獲行政院同意無償撥用南二期校區土地，同年4月與桃園市簽定「桃園市醫療暨教育研發園區合作意向書」，8月與國防部合作首創之「將星計畫」正式實施，清華學院學士班國防菁英組首屆新生入學。2020年，台北政經學院成立，清華躍升為擁有11學院的高等教育學府；2021年，半導體研究學院成立，為國家重點領域研究學院，具有獨立編制及預算。
伴隨校務發展的邁進，相關建設持續推動，2011年，完成貫穿南北校園管線系統的共同管道，2016年全國大學中量體最大的育成中心啟用，2018年落成的「清華實驗室」，則創下國內大學實驗室防震、防微震動及防塵三項第一。而面對公立大學自籌經費比例日益升高的挑戰，各界捐款也接力襄助：2008年台達電子工業股份有限公司捐贈2億2千萬元，興建教學大樓「台達館」；2010年李偉德校友捐贈1億5千萬元，協助興建「綠色低碳能源教學研究大樓」，創下校友個人捐款之單筆金額紀錄。2011年謝宏亮校友捐贈之羅丹「沉思者」落成，是本校首件列為珍貴動產管理者。2012年「校友體育館」啟用，為清華首座由企業界校友「百人會」全資興建的建築。2014年作家王默人夫婦捐贈本校350萬美元，為清華獲贈來自人文領域的最大筆捐款，同年11月，本校首次運用企業及校友捐款「清華永續基金」投資股市，以所得孳息支持校務所需。2016年12月，配合清華在台建校60週年舉辦「六萬校友集六億」專案，總計募集8億6千593萬元。
從校內到校外，清華人的凝聚和連結也更往前邁進，2018年6月，中部及南部校友會成立，11月，「國立清華大學北美基金會（National Tsing Hua University North America Foundation, Inc）」，完成公司註冊，為本校海外首先成立的校友募款基金會。2020年校友會經內政部准予，立案更名為「社團法人中華民國國立清華大學校友總會」，為清華校友版圖邁向組織化的里程碑。
2020-2021年，教育大樓、藝術大樓、美齋學生宿舍，及各方賢達捐建的美術館（謝宏亮校友捐贈）、文物館（台積電文教基金會曾繁城董事長，與楊儒賓教授伉儷捐助）及文學館（作家王默人及夫人周安儀捐建）陸續動土；2022年，「光復路綠門戶計畫」及「君山音樂廳聯電館」開工，各項人文藝術領域建設的啟動，持續為清華致力全人教育、培育跨領域人才的目標，注入新的能量及活力。
2022年3月，學士後醫學系揭牌，樹立本校邁入跨領域醫學之里程碑。5月，高為元校長接掌校務，帶領邁向卓越的清華，繼續書寫下新的歷史紀錄。
本文撰述內容改寫自以下參考書目：
