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本校校名「清華」二字乃自最早校址「清華園」得名。
清華園原為圓明園屬園（圓明園東，又稱東園），康熙年間稱為熙春園（道光年間再分成近春園、熙春園）。咸豐年間將熙春園改為清華園，並題於工字廳門額上。
園名之所以名為「清華」，則有以下兩種說法：
一、典出〈游西池〉
東晉謝琨〈游西池〉：「……惠風盪繁囿，白雲屯曾阿。景昃鳴禽集，水木湛清華……」，形容山水草木之美，「水木清華」或稱「水清木華」，清華園中工字廳後方有荷池與古建築，為著名勝景，古建築物上即有皇帝（一說康熙，一說為乾隆，待考證）親題「水木清華」匾額。
二、典出《大唐三藏聖教序》
《大唐三藏聖教序》1：「松風水月，未足比其清華；仙露明珠，詎能方其朗潤」。
道光二年（1822年），熙春園被劃分為東、西兩園，東為春澤園，西為涵德園。咸豐二年 (1852年），文宗皇帝題詩及「朗潤園」匾賜予恭親王後，也為惇親王的涵德園題匾，賜名「清華園」，從「朗潤」及「清華」的對照來看，「清華」園應是由《大唐三藏聖教序》之語而來，然真正出處，仍尚待進一步考證。
「1909年清華大學前身遊美學務處，獲清華園設肄業館，1910年依所在地改名為清華學堂（Tsing Hua Imperial College），1912年更名「清華學校」（Tsing Hua School），1928年南京國民政府擬改「清華學校」為「清華大學」，經羅家倫校長爭取後，定名為「國立清華大學」。1956年新竹建校後，即襲用「國立清華大學」校名（National Tsing Hua University）。」
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