國立清華大學校史館最初設於第二綜合大樓一樓東側（包括今藝術中心展覽室及辦公室），1985年驗收啟用。籌建時期，校史有關業務並無建制可言，僅由校長及若干教授組成「校史委員會」負責規劃、研擬有關校史館事宜。該委員會曾提出為期兩年之「清華校史室之籌建與近期發展規劃」專案計畫，由鍾堅教授擔任計畫主持人。爾後，又有張一熙教授主持之「清華校史室後期規劃」之專案計畫，曾舉辦多項特展，定期做北平清華、昆明聯大、新竹時期校友訪問，除錄音收藏外，並做成採訪稿，成為校史館之重要檔案。
1990年起，校史館劃歸圖書館，但因缺乏人員與經費的支持，許多資料缺乏整體性與持續性的整理、徵集與應用。多數檔案也均無數位檔，不利保存檔案內容。有鑑於此，圖書館於2004年在謝小芩館長的指導下，提出「校史資料整理、徵集計畫」。
2004年3月起進行「校史資料整理、徵集計畫」，整理建檔並數位化校史資料，以此建置數位典藏資料庫、數位校史館網站及「清華記憶」Wiki，作為呈現校史與促進清華人交流之平台。約在2004年前計畫草創初期，圖書館已於網頁上設有數位校史館網站的Home page供讀者使用，爾後委請清華網路文教基金會清蔚園資訊網路小組，重新改版網站面貌，於2005年4月建置完成。為使校史所建檔之資料及掃描之圖檔，可於網路上提供無遠弗屆的全時服務，圖書館於2005年擬訂「清大圖書館數典系統需求書」，進行公開招標與甄選，2006-2007年陸續完成校史數位典藏資料庫建置及二期擴充。
2010年7月陳力俊校長啟動水木清華網計劃（NTHU Memory Net）為清華百歳校慶的活動之一。水木清華網於短短九個月的時間內，在清華大學圖書館同仁與陳劉欽智教授領導的Global Connection and Collaboration（以下簡稱GlobalCC）之雙方團隊共同努力下完成。2011至2017年期間，GlobalCC與陳教授持續支持和贊助網站內容的年度更新。更多資訊請參閱以下「誌謝」。
2011年則由圖書館自行開發校史Dspace資料庫系統與檢索介面。2014年，為使圖書館館藏之校史資料、受贈名人手稿、文獻暨文物等特色典藏，發揮其學術研究效益，故結合歷年研發網站和數位化資料庫之經驗，著手建置「校史與特藏數位資料管理系統」，簡稱「數位典藏」查詢平台，2015年9月正式上線，包含校史典藏、校史大事記暨各主題特色典藏資料庫。2017年起，伴隨清華與國立新竹教育大學合校，展開協助南大校區校史資料保存計畫工作。2020年6月，圖書館導入雲端服務平台，亦重新建置數位典藏管理系統，強化圖像瀏覽功能，達到典藏即展示功效。
2010年7月陳力俊校長啟動水木清華網計劃（NTHU Memory Net）為清華百歳校慶的活動之一。水木清華網於短短九個月的時間內，在清華大學圖書館同仁與陳劉欽智教授領導的GlobalCC之雙方團隊共同努力下完成，於2011年百歳校慶當天如期啓用。水木清華網以MySql資料庫平台為架構，與陳劉欽智教授團隊近十年所開發之互動式知識庫系統結合，運用先進之多媒體技術及易於操作之使用介面，將清華校史以線上多媒體知識系統模式加以呈現。整合了大量的圖像與影音資料，成為一個結合線上多媒體、多語言及易於使用者操作之介面的資料庫。
在2010到2011年間，水木清華網計畫之專案經費主要來自於國立清華大學，由工業工程與工程管理學研究所2006級校友陳立白先生—同時也是威剛科技公司之董事長—特別贊助。GlobalCC以及陳劉欽智教授對此計畫同樣提供了非常重要的貢獻、支持和贊助。2011至2017年期間，GlobalCC持續協助網站內容的年度更新，陳劉欽智教授也提供了必要的贊助。水木清華網的內容收錄至2017年7月，已於2017年12月31日停止更新，清華大學圖書館非常感謝陳力俊校長、陳立白先生、GlobalCC與陳劉欽智教授對此網站的無價貢獻。
