工作規劃
對於徵集所得之文獻，擬採分期方式逐年完成下列工作項目，以妥善典藏並充分發揮此批珍貴史料作為「文化公共財」的學術研究與文化教育意義。
一、文獻修護與保存
徵集文獻之數量清點統計、編目造冊後，視原件狀況進行相應維護，包含：冷凍、燻蒸、除霉及破損修護工作，並以專用保存設備分類典藏文獻原件。
二、資料編目
由清大圖書館專業人員，在中文、台文、歷史、社會學等人文學科領域專家之指導下進行資料內容之初步分析，包含：協助分類造冊、建置典藏分類體系、進行資料清單之編目。
三、基礎數位化及數位資料庫之建置
- 逐年完成徵集文獻之數位影像製作，包含作為永久典藏、出版使用之高階全彩圖檔及開放線上公眾瀏覽之全彩影像。
- 依據文獻特徵及典藏分類體系，確定後設資料metadata（記錄每筆資料形式、內容的文字檔案）格式，進行建檔及校對。
- 建置數位資料庫查詢及管理系統，以此架設專屬網站(涉及智慧財產權之資料則以單機版本供圖書館內查詢使用)，作為台灣近代史研究、教學及國際交流之新學術平台。
四、舉辦座談會
邀集相關人士以規劃主題方式舉辦座談會，透過相關人士的親身經歷，探討在歷史脈絡中的意義，如邀請白色恐怖受害人陳明忠先生、從事白色恐怖田野調查工作者藍博洲先生及林孝信教授等人舉辦小型座談會。
五、口述歷史與田野調查
除文獻徵集外，兩波留學生潮培育出來的菁英人才，及保釣運動參與者，其個人經歷更是見證近代台灣與國際局勢演變的第一手珍貴史料，因此爭取採訪時效，邀集文史領域專家帶領研究團隊進行海內外保釣運動參與者、留學生文獻捐贈者之口述歷史工作，追蹤70年代海外留學生及其後代遷徙路線，並根據文獻和口述史料實地訪查相關事件地點，透過影像影音方式紀錄田野調查成果，立體呈現留學生置身歷史風雲中，為實現理念揮灑青春歲月的生命風采，以及「離散記憶」的真實面貌。
六、舉辦學術研討會
邀集專家學者、70年代海外留學生及保釣運動當事人、文獻捐贈者等，舉辦相關學術研討會及座談會，促進台灣學術界對此段歷史的了解，交流及整合相關研究成果，更具體規劃後續徵集事宜及研究方向。
七、文獻出版
2009年5月2日、3日主辦「一九七０年代保釣運動文獻之編印與解讀」國際論壇暨文獻展，會後彙整相關文章與發言，邀請謝小芩教授、劉容生教授、中研院歐美所助研究員王智明主編，於2010年12月由清華大學出版社出版《啟蒙．狂飆．反思－保釣四十年》一書。另規劃由清大文史領域專家帶領研究團隊，就徵集文獻內容進行脈絡釐清及解題等研究工作，所得成果配合文獻原件（多為手稿）復刻版，正式出版。
